El descubrimiento de la rivera del rio Yacuambi se desarrolló por los años de 1800 cuando muchos aventureros shuar, se adentraron en la exuberante y desconocida selva oriental en lo cual creyéndose perdidos llegaron a la desembocadura de los dos ríos ., se trataba  del rio que hoy se conoce como rio Zamora y el que desembocaba también era un rio desconocido. E L Descubrimiento del rio Suriruk (rio Yacuambi). Sus primeros habitantes fueron de nacionalidad Shuar, encabezados por el Cacique Tukup con su familia habito por varios años en estos asentamientos recién creados, para posteriormente dejarle la responsabilidad al Cacique Mariano Taisha y siendo sus principales actividades la caza, pesca y en menor escala las actividades agrícolas para el autoconsumo como la yuca, plátano, achiote y el algodón.

Por los años 1820por los conflictos de guerra por la independencia se da el primer asentamiento de los Saraguros en el sitio que ellos denominaron canelos, actualmente conocido como San Antonio del Calvario, para lo cual deciden comprar la hacienda en este sector a un señor de la ciudad de Lojapor el valor de 5000 soles peruanos de circuito legal., dando un almud (cesto) y un sombrero de lana. De este grupo, se organizaron en Cabecillas (dirigentes) y Remantes (los que aportan económicamente) que pasaron a ocupar otras áreas de terreno.

Con la llegada de los primeros misioneros franciscanos, se adentran con la esperanza de la civilización y evangelización encabezada por el Padre  Santiago Moradilla y el Hermano Franciscano Salvador Durán, llegan a este sector y encontraron esta  tierra  habitada por el pueblo Shuar, cuyos integrantes se dedicaban a la caza, la pesca  y la agricultura.  Los Shuar piden voluntariamente a los hermanos franciscanos  que los visitaran en sus rancherías, el Jefe Taisha ofrece levantar la casa misional, para lo cual pasan el río Yacuambi, llegando al sitio preciso donde actualmente se encuentra la Misión Franciscana de San José de Yacuambi, nombre que se le dio por haberse levantado las primeras casas en el día de San José (19 de Marzo).

Con la llegada de los misioneros franciscanos se difundió su actividad religiosa y entre Shuar y Saraguros se han protagonizado una serie de enfrentamientos por la posesión de las tierras en este sector aprovecharon de ello y dominaron al pueblo Shuar que impedía totalmente la intervención de los Saraguro en las labores agrícolas.

La actual cabecera cantonal se empezó a formar en junio de 1936 en la orilla izquierda del río de su mismo nombre, y fue levantada sobre las ruinas de un primer asentamiento que había sido fundado en 1540 por orden de Pedro de Mercadillo.

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